于是水师将船货暂时扣留一齐带回黄埔，准备照章充公，所以撤去了这艘船所挂的日本国旗。
二辰丸是从日本神户出发，先于1月26日前往香港，并且在香港再装上1700吨石炭，于1月30日下午2时从香港起锚前往澳门。
日本的和泉舰一直注视着事态的发展，并且向日本外务省作出报告。日本和泉是英国造船所建造的一艘三级巡洋舰，1883年下水，1894年被日本购买，以前这艘军舰可以在华夏沿海耀武扬威，但广东水师有了陈浩补充的军舰后，日本这艘军舰完全不够看。
事件发生后，日本政府和葡萄牙殖民者及英人赫德进行干预，他们串通一气抵赖。2月14日，日本驻华公使林权助向清外务部发出抗议照会，硬说二辰丸拥有运载军火进入澳门的准单，因此不是走私船，而且该船并未在华夏领海卸货，卸货的地方属澳葡领海。
三方反诬清政府越境截捕商船，举动野蛮；要求清政府速放该船并交还国旗，严罚所有非法官员，并陈谢此案办理不善之意以儆效尤。葡公使柏德罗也于2月18日照会清廷外交部，指该船被拿有违葡国所领沿海权，并有碍葡萄牙主权。
最初清廷主张二辰丸案由中日双方按照海关章程进行审理，但日方断然拒绝。其后清廷外务部于3月3日通知日本公使，拟请英国舰队司令对此案进行公断，也遭到日方的拒绝。面对日本和葡萄牙的外交压力清廷一再让步，3月6日清外务部照会日本公使，对二辰丸上日本国旗被中国士兵扯下一事表示歉意，并答应将办事失当之士兵加以惩戒。
但是日方仍不肯罢休，3月13日日本公使林权助向外务部提出解决该案的5项要求：一、立即放回二辰丸；二、在放还二辰丸时，中国兵舰鸣炮示歉；三、扣留的军火由中国购买，货价为21400日元；四、处置对扣留二辰丸负有责任的官员；五、赔偿此事件所造成的损失。
林权助声称只有全部答应这5项要求，二辰丸案才能和平了结，最终清廷于3月15日表示全部接受日方提出的无理条款。清政府全部接受日本方面的5项无理要求，按照条款要求广东水师要在九洲洋海面释放日商船二辰丸号，并鸣炮21响向二辰丸号致歉。
历史上这一幕发生时，许多岸上聚集的华夏人痛哭失声，消息传出举国上下引为大耻。同日粤商自治会为二辰丸案举行数万人大会，定当日为“国耻日”，当场烧毁日货，决定推行维护主权，抵制日货运动。
四十天内仅广州口岸日货进口减少近300万元，省内各地及梧州、南宁、上海、香港、南洋群岛的群众和华侨纷纷响应，使日本对华商品输出大为下降，抵制日货运动进行了长达一年之久。
李准发电报给陈浩时，他已经收到了朝廷的命令，朝廷命令水师鸣炮致歉。李准义愤填膺，在向陈浩汇报时他慷慨激昂地道：“大人，此乃从未有过之耻辱，若是大人拒绝执行命令，下官当与大人一起承担责任。”
陈浩很快给李准回电：“是否鸣炮致歉由本督决定，与你没有任何关系，本督不会给日本人道歉，也拒绝释放二辰丸号。若是朝廷强令，本督将辞去南洋水师提督职务，同时带走捐赠给朝廷的所有军舰。”
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