在治理会通河的同时，金纯与工部侍郎徐亨、蒋廷瓒又疏浚黄河故道，使这里的人民免遭洪灾的侵害。
在治理两河过程中，金纯奔波于工地南北各段，风餐露宿，既对朝廷负责，又为百姓着想。会通河浚通，不仅使国家经济得到发展，同时也使百姓安居乐业。为此，金纯得到了明成祖朱棣的信任和重用，同时，也得到当地人民群众的爱戴和崇敬。永乐十四年，金纯被提任礼部左侍郎，时隔两月，又晋升为礼部尚书。山东、河南人民为了感谢和纪念金纯，在开封府禹庙(禹王庙)中设置金纯配亭，进行祭祀，山东汶上县人民专门建祠，祭祀宋礼和金纯。此事在大明一朝影响极大，金纯也被认为是大明朝最有能力的干吏之意。
他倒也不负这个名头，从永乐十九年，明朝国都由南京迁往北京，成祖朱棣为了安定民心，稳定局势，查处贪官污吏，选派二十六名官员，分赴全国各地进行巡察，以慰问军民，查处不法官吏。金纯与给事中葛绍祖奉命巡抚四川。在四川，他们深入百姓中，微服私访，考核审查官吏，惩办贪官污吏，使蜀川得以安定。
在成祖朱棣执政的二十二年中，金纯忠心耿耿，勤于国事，为民除害，使民安乐。以他那忠厚、和平、老成的品性，超然出众的才华、气魄，清正廉洁的吏风及功勋卓著的政绩，博得了成祖朱棣的高度信任，也得到了广大人民群众的尊崇。尽管如此，金纯毫不居功自傲，也不愿享受特权。朱棣在位时，曾多次要封赠金纯子孙官爵，而金纯对皇上的”荫恩之意”，一直”坚持不受”，他不愿子孙躺在自己的功劳簿上享受高官厚禄和特权。
永乐二十二年七月，明成祖朱棣亲率兵将征讨犯敌阿鲁台(明东部蒙古首领)，班师回京途中，于榆木川(今内蒙古多伦西北)病逝。同年八月，太子朱高炽即皇帝位(仁宗)，改年号”洪熙”。先调任金纯为工部尚书，后又改任金纯为刑部尚书。在金纯任刑部尚书期间，他严格执法，认真、公正地掌管刑狱事务，”务宽大以教育为主，慎刑罚以重民命。”同时，严格要求下属官吏，严禁贪赃枉法，不准妄行拷打罪犯，因而在他任职期间，狱中没有一个瘐死(因饥寒或疾病而死)者。
因金纯政绩卓著，仁宗朱高炽加封金纯为资政大夫、刑部尚书兼太子宾客，同时御制封诰六道：
赠封：
金纯祖父金成为资政大夫、刑部尚书；
金纯祖母张氏为夫人；
金纯父亲金文炳为资政大夫、刑部尚书；
金纯母亲丁氏为夫人；
金纯已故妻室王氏为夫人；
金纯继室郑氏为夫人。在朝中威望极好，朱瞻基没想到对汉王谋反一事，竟是他第一个跳出来，不由得惊喜不已，依着他的声望，加上刑部尚书这个头衔，对汉王谋反一事上如何处理是大大的有利。
心头虽欢喜，但面上并没有立即表露出来，看了一眼金纯道：“国家待宗藩具有祖训，朕宗社，大逆不道，宜正国典，以为乱臣贼子之戒，朕不敢有违，朕已命工部专门在西安门内建造一馆室，用以囚禁朱高煦父子妻女。此事就不必再议了？“
“皇上，此时万万不可啊，叛逆之人不分首从，皆得处极刑，才是对祖宗，对天下百姓最好的交代，微臣身为刑部尚书，若对此等谋反之事，不加以追究，如何想天下人交代？”金纯大声道。
“金大人言之有理，我大理寺卿也有此意？”身旁的大理寺卿官员纷纷附和。
都察院也不甘落后，纷纷上奏。
其他被拉来的文武官儿，也是察言观色的主儿，早已看出皇上有些心动，这时可是抢功劳的时候，那会错过，纷纷上奏附合。
“诸位爱卿言之有理，但汉王毕竟是皇室宗亲，此事多是为府上官员所蛊惑，方才犯下了弥天大错，朕已决定囚禁，此事就不必再提了？不过此事除汉王外，其府上官员王斌、韦达、朱恒等人须得好好审讯，等有了结果朕再商议如何？“
众官儿见皇帝如此说，也不好多言，只好领命而去，不过此事不过三日，刑部就审出了王府大小官儿一干罪行，朱瞻基大怒之下，下令作为朱高煦“逆党”的青州中护卫指挥王斌、乐安知州朱恒、乐安千户所千户盛坚，汉王府典仗侯海、长史钱巽、教授钱常、群牧所百户井盛等六十余人一并处决，只有汉王府长史李默以曾经“谏诤”而免死，被判流放口外。
翌日，九月初十，又处决了同样被指为朱高煦“逆党”的山东都指挥使靳荣及其儿子靳义等。此后，因被卷入此案被杀的还有天津卫镇守都督佥事孙胜、青州左卫指挥史诚、河间卫镇抚温英、德州卫指挥郑兴、镇抚刘志等六百四十余人。连在锦衣卫大狱中被拷问至死的山西都指挥张杰、杨云也被“戮其尸”。
其他因“知而故纵与藏匿叛人”被免死罪发配至边军者一千五百余人，被流放至边境为民者七百二十七人，群臣称赞大快人心。
处置了众官儿后，朱瞻基对此番亲征乐安州的人员按官阶大发赏钱：公三千贯、侯二千五百贯、伯二千贯；都督一千贯、都指挥五百贯、指挥四百贯、千户镇抚三百贯、百户所镇抚二百贯、总小旗将军一百五十贯、军士校尉力士各一百贯。文职官六品以上如武职例，七品八品一百五十贯，九品以下一百贯。
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