虽然剧组提前收工，但杜克并没有结束工作，回到伯班克的华纳制片厂，他去了工业光魔设立在这边的特效工作室，去查看特效制作的进度。
这部电影所要运用到的特效镜头数量之多，远远超过《钢铁侠》。
曾经的《变形金刚》开篇作，可谓是整个系列中专业口碑最好、剧情也最有条理的一部，但也是变形金刚露面次数最少的一部，不去说第一男主角擎天柱姗姗来迟，哪怕是其他的镜头，变形金刚基本也是一闪即过。
到了杜克的手中，他对这部做了相当大的手术，其中最为典型的，就是精简剧情和人物，从而把影片的更多时间交给变形金刚。
特别是擎天柱，按照他的构想，最多在影片开始二十五分钟左右，擎天柱就必须登场。
随之带来的就是人类戏份的减少。
这样必然导致一些专业人士的抨击，但谁去管他们？
影片上映后，观众在乎的会是——变形金刚的命运，打斗场面、视听效果以及特技特效。
变形金刚出场镜头增多，特效镜头也会随之增加，一年的时间对于完成这样一部影片的特效来说相当的紧张，从确定变形金刚们的设计造型开始，工业光魔的特效师们就在忙碌特效制作。
不过，杜克也会限制动作戏中变形金刚和背景元素对电脑绘图的依赖，大部分的撞车和爆炸大多都是采取实景拍摄，将摄像机镜头放置在车辆撞击和爆炸场面中，以便让戏段看起来更加精彩。
变形金刚设计极其复杂性，即便是像转动手腕这样简单的动作也需要数十个可视组件，铁皮的每只枪都是由约1万个部件组成的，大黄蜂用一片面板来充当眉毛，还需用面部的多个零件回转来表现出微笑的效果，所有变形金刚角色的眼睛都经过了扩瞳和亮化设计。
其中，杜克还特意叮嘱了工业光魔，将擎天柱等角色的眼睛光芒适度的调亮一点，以免有些观众因为场面混乱，分别不出汽车人和霸天虎。
这样区别会变得的非常简单，眼睛红色的是霸天虎，蓝绿色的则是汽车人。
工业光魔在过去的几个月的时间里，都在设计制作变形金刚变形的电脑动画，他们仔细对照了汽车模型上的每一个细节，起初他们设计的变形过程都有遵循物理定律，但这样造成的结果就是看起来既不够刺激也不够流畅
对于这样以特效为主要卖点的电影来说，这简直就是致命伤。
后来，工业光魔还提出了给金刚角色表面采用液态金属的不靠谱方案，被杜克训得狗血淋头，他只回复了工业光魔一句话——这是变形金刚，不是T1000！
到现在，工业光魔选择了完全抛弃物理定律的‘魔方’风格，这样无论是静态，还是动态变形，变形金刚们都会看上去更有趣、真实、动态和快速，而不是像头笨拙的野兽。
而工业光魔特技制作过程中的一个重要决策就是让车轮尽可能长时间地接触地面，这样汽车人就可以在变形的同时保持运动，从而维持基本的真实感。
这些方案也得到了杜克的认可，他清楚电影的卖点在哪里，四四方方粗壮笨重的变形金刚，对于这样一部商业科幻片来说，简直就是一场灾难。
此外，杜克专门让动作指导吉米•卡特收集了几段自由搏击表演和多部融合了柔道、泰拳等搏击方式的动作片的录像，提供给工业光魔的特效动画师观察，以期让电影中的打斗场面看上去更优美。
特效制作无疑是这部影片的重中之重，在摄影棚拍摄期间，杜克与工业光魔不断就此沟通和交换意见，到杜克离开洛杉矶，前往拉斯维加斯的时候，特效制作已经基本走上了正轨。
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