薛家军的追击以天黑结束，这一仗薛家军歼灭皇太极大军八万多人，其中俘虏的只有三万人，缴获的牛羊驼马数十万，其他金银皮毛粮草帐篷等物资不计其数，不过薛家军也付出了三万多人的伤亡，其中牺牲的将士就达到一万二千多人。
作为有生力量投入战斗的乌云娜部，乌云娜追赶皇太极时，里皇太极最近时不过二十个马步，最终还是让皇太极逃掉了，不过乌云娜还是一箭射死了皇太极身边的大汉奸范家主，并活捉了朝鲜叛徒韩润。
皇太极退往辽西跟随的人马只有五万左右，基本上都是女真、汉军、朝鲜军，蒙古部落不是被消灭，就是逃回自己的部落了，皇太极带着十万人马征讨蒙古，眼看着大获全胜，哪知道跟薛家军一战，倒赔进去了五万人马，现在皇太极死的心都有了，自己怎么老是犯糊涂，去跟薛家军硬碰硬，最后的结局证明依然是头破血流。
皇太极悲伤对豪格说道：“儿呀，大明有了薛家军，就没有我们女真人欺负汉人的机会，你要记住只要守住祖宗的长白山就是了。”
皇太极说完是不住的咳嗽，不远处的多尔衮、多铎鄙视着皇太极，大汗一场败仗打下来，就丧失女真男儿的血气，在这次跟薛家军的对决中，多尔衮、多铎率领的左右翼损失相对较少，得到了八旗各牛录的拥护，多尔衮、多铎二人在想，皇太极这个痨病鬼一死，豪格能不能当上大汗可不是你皇太极的遗言说了就算数的。
薛家军取得对金国大战的胜利后，皇太极率领残兵败将逃回了盛京，蒙古暂时被建虏放弃了，大批的蒙古部落开始向娜木钟或者哈日珠拉称臣纳贡，林丹汗失去的领土和人口，漠南蒙古大部分回归到娜木钟、哈日珠拉帐下。
当薛家军以优惠价格处理一大批皮毛给等候的杭州商人时，这些杭州商人对自己在大同城多呆一月，得到如此优厚的回报，仅有的一点抱怨也变成了欣喜，在纪天恩的护送下，浩浩荡荡返回江南杭州。
林丹汗逃到呼和浩特后，在成吉思汗陵前举行庄严的仪式，宣称自己为全蒙古的林丹巴图鲁汗，遂带领察哈尔、鄂尔多斯余众，移动成吉思汗之陵，西渡黄河至大草滩。林丹汗在大草滩永固城一带拥众落帐，重整旗鼓准备东山再起。
年底林丹汗得知大福晋娜木钟联合薛家军战败了皇太极之后，林丹汗是又高兴又愧疚，要是早听薛家军的话，自己也不至于逃到大草滩永固城，于是林丹汗派人去跟娜木钟联系，准备过了冬天就重回察哈尔部。
哪知道就在这一年冬天，心力交瘁的林丹汗病倒了，于第二年返回察哈尔的计划拖延下来了，经过一年的病痛折磨，身体虚弱的林丹汗开始“发痘”，一天天的消瘦下去，终于在崇祯七年四月，死在了青海的打草滩阿拉他拉，苏泰大福晋的儿子察哈尔？额尔克孔果尔额哲被立为大汗，仍驻扎在河套地区，可是稚嫩额哲难以服众，原来跟着林丹汗的部落纷纷散去，最后额哲除了拥众万人和母后手里的传国玉玺之外，已泯然成为一个不起眼的小部落了。
崇祯五年七月朝廷处死了登莱巡抚孙元化与总兵官张焘，宋光兰和王征、余大成等充军；继任登莱巡抚谢琏与知府朱万成，刚到登州又被诈降军所挟持，崇祯皇帝勃然大怒，决心集中朝廷大兵进剿，以浙江朱大典接任山东巡抚，太监高起潜监军，领关宁军五千人等诸军共计三万多人围剿叛军。
崇祯五年八月，孔有德开始几战告捷，由于过分轻敌，结果在沙河遭到辽东骑兵袭击，孔有德损失半数部队，大将陈有时战死。叛军不得不退守登州死守，至此莱州之围已解，接着大明官军进围登州，叛军都元帅李九成战死，叛军军心逐渐混乱，孔有德有心放弃登州去辽东投靠建虏。
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