不久，河东郡周边地区的战乱就开始了。白骑军地进攻东垣，高干军进入濩泽。各郡的情况都比较糟，上党郡，各县长吏被杀；弘农郡，太守被囚禁。而在河东郡，卫固等人准备起兵响应高干，但将校已散，匆忙之间召集不起来。太守杜畿呢，知道各县会支持自己，便带领亲信数十骑，逃离郡城，找了一处坚固的县城拒守。全郡各县吏民，纷纷向杜畿那里集中，团结应变。几十天内，杜畿就召集了四千多人马，实力雄厚。卫固和范先带着自己的兵，伙同高干和张晟的部队，进攻杜畿，不能取胜，又跑到各县抢掠，也没有什么收获。不久，曹操派的大兵到来，高干和张晟败走，卫固和范先被杀。在杜畿的建议下，卫固和范先的党羽被曹操赦免，回家各操旧业。河东郡的局势，就算是平定了。
河东郡没有经历太严重的战乱，早早地安定下来，人口、财产损失都不大。杜畿便开始行使其太守的权力，带领百姓恢复生产。
杜畿的为政之道，结合了儒、道两家的特点，既宽惠爱民，又清静无为。就以诉讼来说，他秉承孔子“必也无讼乎”的观念，尽量地为百姓讲道理，做说服和调解工作，不厌其烦，劝涉讼的百姓回家反思，寻求解决之道。如果不能服气，可以再到官府，听太守讲道理。这样，就激发了百姓的良知，父老们都自责道：“有这样爱民的好太守，我们为什么不听他的教诲呢？”于是，百姓之间的纠纷、诉讼越来越少，社会也安定了。史书记载一般都简略，杜畿的这种息讼方法，应当主要用于一般的民事诉讼。汉朝和曹魏，法令都很严峻，对于杀人放火强奸抢劫等恶性刑事案件，自然另有一套凌厉手段的。杜畿经常到下属各县巡视，发现有孝子、贞妇、顺孙，就下令免除他们的徭役，鼓励他们好好劳动，好好生活。
在农业生产方面，杜畿督促百姓，努力耕织，多养牛马。就连养鸡养猪养狗这些小事，杜畿都非常关心，定有章程。河东郡的经济，很快就搞上去了，百姓们辛勤务农，丰衣足食，官府也积蓄了大量的粮草。
解决了吃饭问题，杜畿又开始提倡教育。因为处在乱世，军事不可不讲，他就在冬天农闲时，召集青壮年男子搞军训。另外又开设学校，亲自担任教授，传授儒家经典，在全郡形成了浓厚的文化氛围，社会风气有了很大的转变。河东有一位名儒叫乐详，曾经协助杜畿搞教育。后来，杜畿把乐详推荐到朝廷，担任博士。许多年后，河东郡的儒士特别多，人们认为，这都是杜畿教化的结果。
关西的韩遂马超作乱时，附近的弘农、冯翊各郡县，都有归附行为，而河东郡与韩遂马超的地盘相邻，百姓却没有异心，仍然安居乐业。曹操驻军蒲坂，与敌军相持多日，军粮全由河东一郡供应。等曹操削平叛乱，得胜班师时，河东郡积蓄的粮食还剩余二十多万斛。曹操非常激动，下令表彰杜畿：“河东太守杜畿，孔子所谓‘禹，吾无间然矣’。增秩中二千石。”
曹操征汉中张鲁时，从河东调发五千名民夫运粮，民夫在路上自相劝勉：“人总免不了一死，可不能辜负了我们府君！”在千里运粮，艰苦转战中，五千名民夫没有一人逃亡。
后来，曹操表彰道：“过去萧何平定关中，寇恂平定河内，您也有他们那样的功劳，即将授予您纳言的职位。但是又考虑到河东郡是我的股肱要地、充实储备的所在，占据那里就足能控制全国，所以还要麻烦您去那里坐镇。”
当时杜畿不仅爱民如子，为政有道，而且不避权贵，品德高尚。平虏将军刘勋，是曹操的亲信，朝廷大员没有人不怕他、不趋奉他的。刘勋知道河东富足，又盛产大枣，就写信叫杜畿给他送些枣子，杜畿再回信中婉言拒绝。后来，刘勋谋反被诛，家也被抄了，曹操看到了杜畿给刘勋的回信，感叹道：“杜畿可谓‘不媚于灶’者也。”（“不媚于灶”典故出于《论语》，指不阿谀权贵。）
天下战乱，人口稀少，妇女便成了重要的资源。魏国曾经下令，要求各郡征集寡妇，分派到妇女少的地区，婚配生育。各郡的太守们，为了在皇帝面前表现政绩，就想尽量多地征集本地寡妇。有些寡妇已经再婚了，他们也要把人家拆散。一时间，妇女们背井离乡，怨声载道。杜畿在河东，也必须遵守朝廷的法令，但他只征集那些真正的寡妇，所以每年都送得很少。后来，杜畿升官到朝廷，赵俨继任河东太守，送的寡妇一下子就多了起来，魏文帝曹丕责问杜畿：“以前你送得那么少，我还以为河东没有寡妇。现在为什么又多了起来？”杜畿正颜厉色回答道：“我以前征集的寡妇，都是死人妻。现在赵俨征集的，都是活人妻！”曹丕和周围的人一听，脸色都变了。
杜畿在河东郡，共当了十六年太守，史书评价其政绩为“常为天下最”。
曹操被封为魏王后，曾经任命杜畿为尚书，但因为河东郡位置重要，仍然命杜畿回任河东太守。曹丕继任魏王后，给杜畿赐爵关内侯，又拜为尚书。曹丕称帝后，杜畿进封为丰乐亭侯，邑百户，任司隶校尉，后来又升为尚书仆射。曹丕出征时，杜畿常留守京师，算是曹魏的重臣了。有一年，曹丕命令杜畿监造御楼船。造成之后，杜畿亲自到陶河试船，不幸遇到风暴，溺水而亡，时年六十二岁。曹丕非常悲伤，在诏书中写道：“夏朝的水官冥勤劳地工作而死在水中，后稷勤劳地播种百谷而死在山上；已故的尚书仆射杜畿，在孟津试航，以至翻船沉没，这是忠心的极致，朕实在为他痛惜。”称赞杜畿和古代的名臣冥、稷一样光荣殉职。追赠为太仆，谥为戴侯。
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