土耳其人在科孚岛劫掠了十一天，但在神圣联盟离开墨西拿的时候撤退了，转向南方，前往位于位于科林斯湾入口处的勒班陀基地，在那里观察战局，并等待伊斯坦布尔的命令。到9月27日，基督教舰队已经在科孚岛港口下锚。现在是做最后决断的时候了。
寻找敌人交战，还是暂停行动。威尼斯人看到他们的科孚岛的惨状，心情更加阴沉。奥斯曼帝国陆军的某些部队因为不能攻克敌人的要塞，又为漫长的作战而恼火，进行了放纵的施暴，并亵渎破坏了基督教神龛，这让意大利人的圣战热情高涨起来。10月初，神圣联盟舰队抵达了希腊海岸的伊古迈尼察。堂胡安对舰队作了最后一次检阅和调整。
事后证明，正是这次调整，改变了战争的结局。堂胡安按照从大明学来的海军编制，将所有的舰队重新编组，并进行了精确的调动。每名船长都完全掌握了作战计划。堂胡安在舰队中穿过，仔细地查看舰船的状况。他经过的时候，士兵们鸣枪敬礼。10月6日黄昏时，天气转晴。当晚天气非常晴好。
“上帝给了我们晴朗的天空和平静的大海，在春季天气最好时也不曾有过这样的天空和大海，”基督徒们回忆道。
第二天，即10月7日（星期天）的凌晨2点，他们的舰队正驶向帕特雷湾。在勒班陀港内，船锚的铁链被叮当作响地收起；奥斯曼帝国战船一艘艘地穿过海湾入口，离开了岸基大炮的保护。凌晨五点半，两只庞大的舰队遭遇，一场前所未有的大海战在帕特雷湾爆发……
10月19日，帕特雷湾大海战的捷报传遍了整个欧洲。钟声敲响，篝火点燃，教堂举行了礼拜仪式。大街上，陌生人之间也互相拥抱。商店店主们在门上贴了“为庆祝土耳其人之死而歇业”的告示，停业了一周。当局打开了债务人监狱的大门，释放因欠债而坐牢的人，并允许人们戴狂欢节面具，尽管这并不是狂欢节的季节。
人们在横笛伴奏下在火炬光亮中跳舞。描绘威尼斯得胜的华美的游行花车以及一长串身披枷锁的战俘在威尼斯的圣马可广场上经过。胜利的消息接踵而至，战争的各个主角对捷报的反应是不同的。根据传说，喜讯传来之前教皇就已经从上帝那里得到了消息。
据说在阿里帕夏在甲板上倒下的那一刻，教皇打开窗户，努力去辨认一个声响，然后转向室内的其他人，说道：“上帝与你们同在；现在不是处理事务的时间，而是向上帝感恩的时刻，因为此刻我们的舰队得胜了。”
为了这个结局，没有人比教皇更努力。使者送来捷报时，这位老人当场跪下，老泪纵横地感谢上帝的青睐。然后对庆祝礼炮挥霍了太多火药而哀叹。对于庇护五世来说，他一生的使命完成了。
“现在，我主，”他喃喃地说道，“你可以将你的仆人带走，因为我的眼睛已经看见了你的救赎。”消息传到马德里的时候，腓力二世正在教堂内。他的反应就像苏莱曼在杰尔巴岛战役之后一样冷淡。“他没有表现出任何激动，表情没有变，也没有流露出任何感情；他的仪态完全和之前一模一样，并且保持那个样子，直到晚祷歌声停息。”然后他庄严地命令吟唱《感恩赞》。
甚至远至信奉新教的伦敦和信奉路德宗的瑞典，人们都在欢庆这场胜利。堂胡安一跃成为这个时代的英雄，无数诗歌、戏剧和报纸的主角。教廷甚至宣布，从今往后，10月7日将成为玫瑰圣母纪念日。
与之相反，惨败的消息送抵时，塞利姆二世正在埃迪尔内。根据史学家赛兰尼克的记载，塞利姆二世起初极为悲痛，一连三天没有睡觉，也没有用膳。人们在清真寺内祈祷，伊斯坦布尔大街上的畏惧几乎已经到了恐慌的边缘。人们害怕，现在舰队被摧毁了，敌人会从海上进攻伊斯坦布尔。
这对苏丹来说是个危机时刻，但他在索科卢沉稳的指导下果断做出了回应。塞利姆二世匆匆赶回了伊斯坦布尔；他在索科卢陪伴下骑马穿过街道，似乎稳住了局势。就像当年查理五世不得不接受在阿尔及尔的海难一样。塞利姆二世也不得不接受这次失败，但他的雄心并没有放弃。
“胜败乃兵家常事，”塞利姆二世宣称，“事已至此，也是真主的旨意。”
很快，新的奥斯曼舰队开始重建，他们大量的从大明采购武器和战舰。奥斯曼的军工厂也开始加班加点。海战中的幸存者乌卢奇·阿里将军被任命为新的海军司令，这并非他有多么的能干。而是因为能够争夺这一地位的其他竞争者都已经命丧黄泉。
乌卢奇·阿里想尽了一切办法，在返回伊斯坦布尔之前已经在沿途拼凑了八十二艘帆船，以壮大声势，并升起了缴获自马耳他骑士团的旗帜，作为战利品。这个排场取悦了塞利姆二世，还给他赢得了一个荣誉称号。
此后他就被称为“克里奇·阿里”，“克里奇”的意思是利剑。马耳他骑士团的旗帜被悬挂在圣索菲亚清真寺，作为胜利的象征。奥斯曼帝国政府现在处于新任命的索科卢首相无可争议的控制之下，这是一位实干家，他立即开始大干特干起来。1571～1572年冬季，奥斯曼帝国所有的造船厂得到扩建，首相命令在两年内必须完全重建了整个舰队，恢复海军的实力。这个努力可以与海雷丁的伟业媲美。
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