作为皇权的干城，在隶属关系上也和怯薛之间听命于皇帝不同，侍卫亲军由各卫都指挥使司掌管，除东宫、后宫卫军外，均隶属于枢密院。其功能大致有以下几项：第一，作为常备军，防守两都及附近地区。第二，作为控御地方的中央武力，逢有反叛，出征讨伐。第三，非军事时期，屯田自给军食，减轻国家负担。第四，承任两都营建、修缮等劳役。
所以其一方面由于它的机要性，使它在君主专制统治中占有重要地位，能否有效的控制禁卫军军权以及以何种方式进行控制，是衡量专制君权强弱兴衰的一个重要标准。另一方面，由于侍卫亲军是京畿地区的主要武力，地近宫阙，成为元廷的安全屏障。随着元朝统治者对中原汉地统制和开发，在怯薛的军事功能逐渐蜕化的情况下，侍卫亲军成为元军的中坚力量，已经逐步取代了怯薛作为全军‘大中军’的军事地位。
根据各方面的情报，赵昺基本摸清了侍卫亲军的情况。忽必烈于至元年间组建了十二卫侍卫亲军，其主力以汉军为主。同时，又建有色目人和蒙古人诸卫，将原来隶于蒙古军籍的色目“诸国人之勇悍者聚为亲军宿卫”，每卫设亲军都指挥使等军官统辖。
汉军五卫由前、后、中、左、右组成，除了各地汉军外，还筛选宋降军精锐着入充，每卫万人。屯营地均在大都以南，前卫屯营在范阳，后卫建营于白雁口，中卫建营在漷州，右卫建营在永清县，左卫建营在东安州，永清县东。此外又建隶属于清运粮万户的海口侍卫，建营直沽海口，计兵员六千人，给田十万顷屯驻。
色目卫分左、右，钦察卫亲军都指挥司，以土土哈统领，设行军千户十九所，屯田三所，统军在一万五千到二万人之间。其中钦察军以善战着称，尤其在灭宋和平定海都、乃颜叛乱中战功卓着，建营在清州；哈喇鲁万户府，以蒙古军西征时随阿尔斯兰归附成吉思汗的部分士卒，以及匣答儿密里归顺时所率的‘翰思坚国’三千哈剌族兵组成。
在元代贵赤卫和昔宝赤卫也就是‘打捕鹰坊人户’，多取析居、放良及漏籍勃兰奚，还俗僧道与凡旷役无赖者等户为之，入元后又多有蒙古、色目人充任，康安人明安统领，领百户八十员，统军在五千人，建营檀州；隆镇卫是由各色目卫军士中抽取人员组成，又分钦察、唐兀、西域、左右阿速诸位军三千人，并旧汉军六百余，建营居庸关，屯东西四十三处，共四千人。
元朝统一后蒙古军队镇守漠北以及由诸王分领，留在中原地区的不多，其中编入侍卫亲军的一不多，先后只建立了四支蒙古卫军，其中三支隶属于枢密院，由左、右翊蒙古侍卫亲军都指挥司。左翊侍卫亲军设百户六十二愿，统军四千人，建营沧州；右翊蒙古侍卫设百户一百零九员，统军在七千人，建营武清。
东宫侍卫为忽必烈为真金所建，蒙古侍卫亲军为五投下探马赤军组成，又分取侍卫亲军一万户组成，统兵在八千余人，建营于易州。真金继位后，作为他的班底又得到加强，具体的情形不明，估计人数大为增加，实力也成为侍卫亲军诸军之首……
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