三月二十九日,张名振、张煌言率水师六百余艘战船再入长江,顺风溯流而上,过京口(镇江境内),直抵仪真,在仪真城外江中焚毁满清盐船数百艘。消息传到江宁，清江南总督马国柱急忙调兵遣将,对深入长江的明朝海师进行拦击。张名振等人在仪真停留的时间很短就返航东下,撤回崇明一带的沙屿稗沙、平洋等处,此次入江是为二入长江之役。
五月十八日,张名振因兵员、饷银不足,难以支撑其部继续抗清，遂由张煌言统兵舟山，其亲自南下浙江温州买米七船,又到福建厦门面见郑成功,要求郑氏提供兵员、火药、器械等物资以供张部坚持斗争。时正与满清福建当局“和谈”的郑成功为了加大谈判筹码，答应张名振的请求，派忠靖伯陈辉统水兵五千、陆兵一万、大船近百艘北上支援。
郑成功的支持让张名振认为不虚此行,回舟北返。九月初六,张名振部进抵上海县城下,清朝上海知县吓得瘫痪于地,城中百姓喧传张军乃“王者之师”,纷纷响应，或击杀清军兵卒，或恐吓清朝官员，或围攻衙门。一时之间，上海有为明军收复之危险。清江宁巡抚周国佐在接到松江府的急报后，立即火速领兵来援，以屠城相威胁上海百姓,这才稳定了上海局势。无法得到上海百姓内应的张名振被迫率部撤返。
自上海退兵后，张名振和张煌言合计后认为当再率军进入长江，这一次不再是仅入江口，而是直入江宁，以打击清廷在江南的统治，瓦解人心。十二月，二张等率军乘船四百余艘溯江而上,十八日由三江营驶过焦山,直抵南京郊外的燕子矶。
突然出现在南京城外江面上的明军水师战船吓得城中清朝官员惊呼“咫尺江宁,势甚披猖”。满清两江总督马国柱、提督管效忠为防明军围困江宁，动摇清廷在东南的半壁江山，亲自指挥驻守南京的满、汉兵丁出城截杀明军。
自随鲁王兴军抗清以来，不论是张名振还是张煌言都精于水战而弱于步战，尤其二人麾下兵马陆战实力更远远弱于清军，又无骑军佐应，因此虽凭水师之利震动南京，但在实力远强于他们的清军打击下，二张无法在江面上持久下去，更无法在岸上立足。
有鉴于无法在陆上击败清军，又受制于粮草补给，张名振、张煌言在南京城外江面上仅停留数日便再次率舟师缓缓东下退出长江。虽说这次攻入长江和前两次一样都没有对清军造成一定杀伤，更没有攻府夺县，但对清廷的震动却是极大，也使沿海抗清力量和江南士绅认识到明军水师对清廷的威胁之重。
事实上张名振和张煌言筹划的三入长江之役的真实目的除了试探清军在江南的防卫力量，还在于联络长江两岸反清复明人士，另外也想呼应正在攻打广东的李定国和在湖南和清军僵持的孙可望，以图达到联络东西，会师长江，恢复大江南北的宏伟计划。
第一次进入长江时，张名振便派人密会原弘光朝礼部尚书钱谦益、鲁监国所封仁武伯姚志卓、鲁监国政权都察院左都御史加督师大学士衔李之椿，除将鲁监国治下抗清局面加以告之外，另外请求他们能够提供一定钱粮支持。随后的二入长江和三入长江，张煌言更是说服张名振，亲自化装成游方道士秘密会见原南明兵部侍郎张仲符、明宗室朱周、原兵部职方司主事贺王盛、生员睦本等一大批复明志士。
以钱谦益为首的原明朝一部分士绅一直在清统治区内秘密从事复明活动,在西南永历朝廷和东南海上水师之间搭桥的主要策划人就钱谦益和姚志卓。张煌言更知道永历朝廷大学士文安之一直同钱谦益有书信往来，姚志卓更是亲自从贵州带回永历朝廷和秦王孙可望的大批文书。正是因为钱谦虚益和姚志卓的支持，张名振和张煌言才能够畅通无阻的三入长江全身而还。
对于钱谦益所筹划的联络东西、会师长江的方案，张煌言是打内心深处极力赞同的，早在永历三年(伪清顺治六年)，钱谦益就给门生时任就历朝廷留守桂林大学士瞿式耜的密信中就提出中兴之基业，关键就是顺江而下夺取江南，将南都控制在手。
二入长江张煌言秘密去见钱谦益时，钱便将用兵比作为弈棋,他对张煌言说道:“人之当局如弈棋然,楸枰小技,可以喻大。在今日有全着,有要着,有急着,善弈者视势之所急而善救之。今之急着,即要着也;今之要着,即全着也。夫天下要害必争之地,不过数四,中原根本自在江南.长、淮、汴京,莫非都会,则宣移楚南诸勋重兵全力以恢荆、襄,上扼汉沔,下撼武昌,大江以南在吾指顾之间。江南既定,财赋渐充,根本已固,然后移荆、汴之锋扫清河朔.高皇帝定鼎金陵,大兵北指,庚申帝遁归漠北,此已事之成效也。”
又说:“王师亟先北下洞庭,别无反顾支缀.但得一入长江,将处处必多响集,……我得以完固根本,养精蓄锐,恢楚恢江,克复京阙,天心既转,人谋允臧。”
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