与陈奇策定下新会战略后，周士相终率太平军于初十日渡江。
长达数月之久的新会之战，太平军共战殁百户以下官兵1420人，伤570人，后征保安团丁联同新会民夫青壮、清军俘虏850人，伤亡达全军四分之三多。至决定渡江，太平军五大营只存官兵1165人，后营老弱7800余人，另有伤兵320人。
做为太平军补充的2000民夫在太平军的“要求”下随同太平军行动。周士相从中择1500年轻力壮者补入各营，余下者归入后营保安团和公库军。
1700名清军俘虏在经过几天的整编甄别后，也分批补入太平军和保安团。800名广州各府县的绿营兵被第一批补入太平军，600余非辽东出身的清军第二批补入，余下200多辽东出身的汉军旗兵则被拨入新建炮军营充为炮手使用。
此去香山，关键在于立足，而香山对于太平军太过陌生，故而原属香山县的100多绿营降兵得到了周士相的重视，分别将他们安在各营担任副旗头，以为各营占据香山时为向导。
1500名民夫联同1700名清军的补充，使得太平军的军力达到了4000余人，不但之前的五大营全部满员，新建炮军营也达到了600众，如此不但太平军六大营兵力达到3200人，属后营的保安团和公库军也有了近2000人的编制。
长达数月的守城战和出城决战使得太平军的军官大量阵亡，现在又一下补入如此多的民夫和降兵，指挥和管理上面难免出现问题。周士相对此的解决办法是大量提拔作战有功的士兵担任小旗，更从民夫和俘虏中选了20人担任小旗官，幸存的小旗又大量升总旗，总旗升试百户。此外，对于降兵的补充和改变，周士相还有另外的手段，那就是安军使的存在。
安军使所起的作用类似于后世军队的政委，周士相前世又是人民军队的一员，军史战史多少有些了解，自然知道解放战争时人民军队是如何吸纳改造那些国民党军队俘虏的。在将前世的一些改造手段告诉宋襄公后，便由后者物色安军使人选一一补入各营，在降兵进入军营第一天起，安军使就开始发挥作用。仅从目前的情况来看，安军使的工作很有成效，至少，加入太平军的清军俘虏总体还是安静的，大多数人已经习惯自己身份的改变，甚至有一些俘虏开始主动找到安军使，将自己是如何成为清兵，又如何在军官的带领下作恶一一道出，最后请求太平军的宽恕，决意和清军不共戴天。
虽然各营军官对安军使的突然出现有些不满，他们无法接受自己的命令会受到另一个人的质疑，自己对部下的惩罚会被人阻挠，甚至这个人还会越级上报他的不是，让他这个主官很没面子。但不管怎么说，安军使对于军心的稳定作用还是被各级军官们看在眼里的，因此他们也勉强接受安军使的存在。
长达数月的恶战虽然让太平军伤亡巨大，但同时也算是真正将太平军打造成了一支百战精兵，活下来的人无论是军官还是士兵都比从前强得太多，经历过血海尸堆的太平军将士已经堪比精锐。补充的兵员已经超过原有官兵总数，但在这些太平军将士的凝聚统带下，战斗力和忠诚性并没有下降太多。接下来周士相要做的就是如何将这一支成分复杂的军队彻底改造，将其打造为一支能左右局面的强兵。
雄威营百户仍由邵九公担任，震虏营则由原百户葛正弟弟葛义正式担任百户一职，陷阵营百户继续由铁毅担任，近卫营百户秃子蒋和因为脚板受伤无法行动，周士相便改命公库军的赵四海担任近卫营百户，蒋和则调公库军，等到他伤愈后再作决定。虎捷营百户则仍由秦智生担任。各营阵亡的试百户也分别由各营百户报上人选，周士相无一不准。
新建的炮军营百户人选周士相定了齐豪，齐豪从前虽是大西军的总兵，但现在只是太平军的一员。在买盐和炸营上立了大功的齐豪出任太平军的高级军官也是应有之意，对他的任命没有引起其他将领的反感。炮军营的炮手全部是被俘的汉军旗炮手，起先在出任炮营百户后齐豪还担心这些汉军旗兵不服管制，但让他惊讶的是，根本不必他这百户动作，原先那些先加入太平军的汉军旗兵就能压制住新加入的旗兵，把他们管得服服贴贴，这让齐豪大是轻松。
粮食短缺的问题并没有因为缴获的清军粮草而所改编，为了最大程度的恢复那些快饿死民夫的体力，周士相也是不惜血本将不多的粮食拿出，如此才让民夫们稍稍恢复一些，但离身强体壮还是差得远。他急于离开新会去香山，也是因为对粮食的迫切需求。新会附近已经被清军糟蹋得不成样子，陈奇策为了筹粮连日来都是派水师沿江到各处去搜刮，周士相没有水师可以远派筹粮，只能选择马上离开这里到香山去。相比新会的残破，香山可是处宝地，物产丰富，更邻近澳门，无论是粮草还是军械，只要经营得好都可以获得。
原本周士相是想让新会城的残存百姓留在城中不必随太平军行动的，但不曾想这些百姓却都主动要求随太平军去香山。有些不解的他问宋襄公百姓为何如此，宋襄公告诉他一来新会百姓有很多人家女子和太平军将士有军婚关系，虽说这些女子所嫁的男人很多都战死了，但某种程度上说这些新会百姓，尤其是那些女人已是太平军的一员，因而他们没法离开太平军独自生活。二来太平军军纪甚好，对老弱都有照顾，而新接管新会的水师是不是能如太平军一样，百姓们心里没底，这才宁可随太平军去香山也不愿留在新会冒险。说一千道一万，新会的这些百姓还是怕水师军纪不好，也怕他们守不住新会，结果再被清军祸害。
陈奇策对于太平军进军香山提供了最大能力的帮助，如他先前所承诺一般，两天内，他用船将太平军的所有人员和物资全部运到了对岸，另外又赠送了一些从清军缴获而来的甲衣，反正他的水师也用不到这些，不如让太平军带去还能发挥些作用。
待全军渡过谭江，周士相发下军令：此去香山不杀人、不****、不抢财货、不宰耕牛、不放火。
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