顿月多吉遇害后，周垣批准了政治保卫局、卡托加管理局的锄奸计划，帝国的内卫部队以摧枯拉朽之势，一举歼灭潜藏在甘孜内部新噶当派叛乱分子一千多余人。其他地方的新噶当派开始妖言惑众，指责华夏军屠杀无辜的百姓，并开始煽动普通民众造反，将华夏军赶出高原。
在增派遣阿萨辛组织四处刺杀的同时，新噶当派所属的10万多反动军队，20万寺庙武装僧侣，在德干高原莫卧尔王朝以及阿三土王的支持下，发动并逐步扩大叛乱。云南迪庆、甘南和青海藏区的新噶当派头人以及反动僧侣，也趁机率领部落军队进攻帝国的政府驻地，军营以及集体农庄。
喜马拉雅山北部的高原上，空阴云密布，大有黑云压城之势。
在叛军的营地，邪教教主以及上层僧侣，燃灯焚香，在白布、黄布画上千奇百怪的符箓，什么太上老君，观音菩萨，关二爷，周公祖、桃花仙、金罩铁甲护金身、猪八戒、沙和尚，金毛老鼠精等字样应有尽有，并将画好的符咒分发给分散在各地的邪教分子。
除了发放符咒之外，邪教教主还不遗余力的传授咒语，诵咒焚符，冲水令其跪饮。“诵咒之夜即能刀枪不入。你们放心的去杀人吧。”
次日，狂热的新噶当派叛乱分子7000多人，身上贴满符咒，手持砍刀和长矛，念着六字真言，走上街头，逢人便砍。
这些宗教狂热分子，不为谋财，不为占地，不是侵入喇铩或者日喀则，就是在当地进攻县城，围猎村庄，对所有反新噶当派人员，不分男女老幼，挨村挨户，全部用刀砍死，用火烧死，单纯为杀人而杀人，种族灭绝。
叛匪把拥护帝国中央政府土著居民以及宗教界人士抓到之后，剥皮挖眼，残酷杀害。令人发指的是，藏巴汗的特使遭到叛军绑架之后，被拖在狂奔的马后，活活的拖死。
时康北高原民谣："3月春草绿，杀气弥漫天。十余万人一朝尽，问谁不心酸。桃含愁兮柳带烟，万里黄流寒。阖邑子弟泪潸潸，染成红杜鹃。清歌一曲信史传，千秋寿名山。碧血洒地白骨撑天，哭声达乌兰。"
以甘孜城为例。在新噶当派叛乱期间。叛军疯狂地进攻帝国政府机关、学校、商店和华夏军驻地。普通民众的商店，住宅以及其他教派的寺庙，也跟着遭殃。两百多家店铺和700多间民房被焚，数百年精华尽矣。延及城阙，火光烛天，三日不灭。及至延及旁处，叛军不许扑救。既至火势大发，不可挽救，而放火之叛军，拍手称快，是以各铺户搬移不及，束手待焚，仅将账目抢护而已。一位前乌思藏都司的官员气愤的写道，“若看叛军请神附体，张势作威，焉有杀人放火之神灵乎？且焚烧店铺、残杀妇女儿童，与土匪无异。”
周垣一直密切的关注新噶当派叛乱。
为了尽可能的多见叛军，周垣通过电报告诉罗汝才，“敌之行动，对我彻底解决高原叛军甚为有利。为了麻痹敌人，造成大打一仗的有利形势，你们最近期间对叛乱武装的零星射击和小的挑衅进攻，要故意示弱，暂不还击；纵其嚣张，诱附近的叛乱分子向喇铩多集中一些。这样我增援部队到达时即可对其聚而歼之。”
罗汝才回电，“高原省军区各部队，严格遵守皇帝陛下的指示，对小股叛军的挑衅行动采取忍让的态度，暂不还击。把叛乱武装死死吸在喇铩，等待增援部队进藏时对其进行合围，将邪教叛乱集团干净、全部、彻底歼灭于喇铩。”
殷凤岐在剿匪戡乱会议上指出，“陛下的指示，富于远见，这样可以避免一开始就给敌以很大杀伤，叛乱武装一看形势不好，很可能四处逃窜，而高原地域辽阔，要剿灭分散逃窜的叛乱武装是很困难的。”
高原邪教叛军果然上当，错误地认为华夏军软弱可欺，更加疯狂地向华夏军进攻。
为了尽快的剿灭叛军，华夏军总参谋部紧急向甘肃军区、四川军区，昆仑省军区，贵州军区，云南军区下达行动命令，要求第17军与却图汗的蒙古骑兵师，沿着青藏线南下，阻止叛军北上。第26军沿着川藏公路向昌都开进，担负昌都地区的剿匪任务，第34军从高原东南进至盐进地区，截断叛乱武装东南出境之路。藏巴汗遂日喀则的地方部队，防止叛军西逃。高原军区第42军，控制南逃的各个路口。华夏军对叛军形成四面大合围之势。
总参谋部同时命华夏帝国空军及总后勤部有关部门作好空中支援和物资保障工作。
平叛大军大军克服重重困难，翻山越岭，通过茫茫的无人区，到了指定位置之后。
周垣下达作战命令，要求驻喇铩的华夏军在罗汝才、殷凤岐的指挥下，开始对叛乱武装实施反击。
高原军区第47独立师，负责保卫喇铩大桥，高原省政府驻地，高原军区机关，西郊第149医院。高原军区第118混成旅。独立第49师第458炮兵旅，集中兵力于10时发起反击，占领药王山后，炮击罗布林卡。”
第458炮兵旅首先对市区叛军占领的药王山制高点使用喀秋莎火箭炮发起攻击。两轮齐射之后。第118混成旅两个团发起冲击，于13时12分歼灭叛敌，攻占了药王山。
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